Hizo una intensa campaña para ganar prosélitos. Fundó tres sociedades: La Trinitaria (3), La Filantrópica y la Sociedad Dramática, que lo ayudaron en su obra. Contribuyó al derrocamiento del régimen haitiano de Boyer, y formó parte del gobierno de Charles Riviere, que sustituyó al anterior.
Descubiertas sus actividades independentistas, tuvo que abandonar el país; regresando el 15 de marzo del 1844, una vez proclamada la Independencia, el 27 de febrero del mismo año, gracias a los esfuerzos de Sánchez y de otros patriotas. Fue recibido triunfalmente y se le hizo comandante del Departamento de Santo Domingo y vocal de la Junta Gubernativa, que gobernaba la República.
A poco de regresar, entró en conflicto con Pedro Santana, jefe del Ejército del Sur, que era uno de los principales caudillos del bando o partido conservador, de tendencias colonialistas o ane-xionistas.
Como dicho partido se había adueñado del poder, la mayor parte de los miembros de la Junta eran derechistas, conservadores o anexionistas, y estaban empeñados en convertir la recién nacida República en un protectorado francés. Duarte, ante el peligro que esto representaba para el triunfo de sus ideales independentistas, encabezó la sublevación que destituyó a varios miembros de ella y los reemplazó por otros, liberales o izquierdistas, que eran opuestos, como él, a toda anexión o protectorado.
La nueva Junta envió a Duarte al Cibao a obtener el apoyo de aquellos pueblos y del Ejército del Norte. Estos proclamaron a Duarte presidente de la República, pero Santana protestó contra ésto, y apoyado por el Ejército del Sur, se sublevó contra la Junta Gubernativa. La disolvió y la sustituyó por otra integrada en su casi totalidad por personas de su mismo partido, y presidida por él.
Tan pronto se consideró dueño de la situación, dispuso el apresamiento de Duarte y de los que lo habían apoyado en su proclamación presidencial. Duarte evitando una guerra civil, que el enemigo (Haití) hubiera podido aprovechar, no apeló al Ejercito del Norte.
Se dejó apresar por Santana, que hizo que la Junta lo declarara traidor a la Patria y lo expulsara del país. Duarte estuvo muchos años en Venezuela, donde fijó su residencia, y durante todo este tiempo se mantuvo ajeno de la política, pero al enterarse de la anexión a España, protestó contra la misma. Preparó una pequeña expedición, que desembarcó en Montecristi, y ofreció sus servicios al gobierno restaurador.
Al saber que se afirmaba que su presencia iba a contribuir a la desunión de los restauradores, aceptó el cargo diplomático que anteriormente había declinado. El gobierno restaurador lo nombró su representante en el exterior, y le dió la misión de obtener el apoyo de Venezuela y de otros pueblos en su lucha contra España.
Duarte, laboró con ahínco, pero no pudo conseguir para la causa restauradora el apoyo americano que ésta necesitaba.
Después de lograda la Restauración, se quedó en Caracas, Venezuela, donde murió el 15 de julio del 1876.
